火箭隊

隊長： 阪木老大

老牌犯罪組織，隊標是一個紅色字母「R」,小智一行人的死對頭。在寶可夢世界的各個地區都有火箭隊成員駐守，其中以武藏、小次郎、喵喵組成的三人組最為大家熟知（打了一輩子醬油）。表面上是一家大型上市公司，有著相當雄厚的財富。製造出大量的高科技裝備和武器，目的是用來捕捉強大或稀有的寶可夢，從而利用它們來統治世界。

熔岩隊

隊長： 赤焰松

陸地犯罪組織，隊標是火山形狀，海洋隊的死對頭。主要活動于豐緣地區。主張人類至上主義，認為寶可夢與人類共存會阻礙他們的發展。對超古代寶可夢固拉多有著很強的執念，目的是利用其擴大陸地面積，增加人類的生存領域。最後固拉多與蓋歐卡的對決引發了巨大的生態災難，熔岩隊隨之分崩離析。

海洋隊

隊長： 水梧桐

海洋犯罪組織，隊標是類似于海賊的骷髏形狀。與熔岩隊一同登場于豐緣地區。主張保護寶可夢的繁衍棲息，認為自私的人類霸佔了太多的陸地。海洋作為所有生命的起源，應該擴大海洋的面積，再次建立寶可夢的美好家園。由于與熔岩隊的意見不合，遂利用靛藍色寶珠召喚出超古代寶可夢蓋歐卡。造成豐緣地區一片混亂，海洋隊在這場混亂中也下落不明。

銀河隊

隊長：赤日

十分神秘的犯罪組織，隊標是一個金色字母「G」。登場于神奧地區，主張推翻現存的寶可夢世界，創造出一個屬于自己的新的世界（話說，這不就是夢沒睡醒麼）。為了創造出新的空間領域和時間線，老大赤日來到天冠山的槍之柱（阿爾宙斯創造帝牙盧卡、帕路奇亞的聖地）召喚出時間之神帝牙盧卡和空間之神帕路奇亞。最後的結果毫無疑問是失敗了，赤日也失去蹤影。

等離子隊

隊長： 魁奇思

同火箭隊一樣是非常強大的犯罪組織，隊標是一種類似凱樂符號（☧）的宗教符號。登場于合眾地區，發揚寶可夢唯我主義，意思是將寶可夢與訓練家分離開來，讓其回歸自然。並且到處進行傳教，表面上是為了寶可夢著想，實質上是為了將寶可夢的力量為自己所用，達到統治人類的目的。曾利用光明石召喚出傳說的龍寶可夢萊希拉姆，並用阿克羅瑪的機器控制了它。

閃焰隊

隊長： 弗拉達利

龐大的邪惡組織，隊標是一團火苗的形狀。登場于卡洛斯地區，弗拉達利想要減少寶可夢的數量，為世界減輕壓力，從而創造一個更完美的世界。所以他在卡洛斯安插了大量用來獲取情報的眼線，包括卡洛斯地區高層。得知了傳說寶可夢哲爾尼亞斯和伊裴爾塔爾的能量可以啟動武器，最後自食惡果被武器發射的能量射中。

骷髏隊

隊長： 古茲馬

專找麻煩的流氓組織，隊標是骷髏頭的形狀。登場于阿羅拉地區。如果說別的反派都有自己的理想或願望，那麼骷髏隊就是一群混混聚在一起搗亂。隊長古茲馬看不慣阿羅拉的傳統，寶可夢的Z招式和Z手環在他眼裡就是多餘，寶可夢聯盟更是沒必要的存在。所以他帶領著骷髏隊四處搞破壞，搶奪他人寶可夢、在對戰地方鬧事等等。

呐喊隊

隊長：聶梓

朋克風的麻煩集團，隊標是釘子組成字母「y」形狀。成員由尖釘鎮的訓練家和居民組成。這裡涉及一段兄妹情，呐喊隊隊長聶梓身為尖釘鎮的道館館主，想要把館主的位置傳給妹妹瑪俐。瑪俐可愛的外表加上冷靜成熟的作戰方式吸引了一大批粉絲，多是尖釘鎮的人們。這群人為了讓瑪俐當上聯盟冠軍，自願組成呐喊隊阻撓道館挑戰者。後來，瑪俐也順利接任了道館館主的位置。